Phí Bắc giáp xã Phú Lâm, huyện Tiên Du,Phía Đông giáp Lim (thị trấn),phía Nam giáp xã Hoàn Sơn,Liên Bão

Tây giáp xã Tương Giang, huyện Từ Sơn,Xã có 4 làng là Làng Đình Cả, làng Lộ Bao, Làng Duệ Nam, làng Duệ Khánh

Xã Nội Duệ nằm giữa hai con đường song hành đường sắt Hà-Nội Lạng Sơn và đường quốc lộ 1A cũ, Nội Duệ cách trung tâm Thành phố Hà Nội khoảng 22 km và cách Thành phố Bắc Ninh 8 km,có địa hình bằng phẳng, là quê hương giàu truyền thống lịch sử văn hóa có vị trí địa lý rất thuận lợi cho sự phát triển kinh tế-xã hội và an ninh quốc phòng qua các thời kì lịch sử dựng nước và giữ nước.